Początki ratusza sięgają wczesnego średniowiecza i od zarania swych dziejów był siedzibą władz najważniejszego obszaru Gdańska, nazywanego od XIV w. Głównym Miastem. Od połowy XV w. stał się centrum władzy dla całej nadmotławskiej aglomeracji. Pełnił tę funkcję kilka stuleci i przez ten czas był jej głównym municypalnym gmachem.
Dokładna data powstania budowli nie jest znana. Według XVII-wiecznego kronikarza gdańskiego Stephana Graua budowę ratusza rozpoczęto na wiosnę 1327 r. i zakończono w grudniu 1336 r. Gdański dziejopis nie podał jednak źródła, z którego zaczerpnął tę informację. Ratusz z pierwszej połowy XIV wieku był przypuszczalnie niewielkim, piętrowym budynkiem, wykonanym w konstrukcji szkieletowej z cegły i drewna.
Zachowana księga rachunkowa z lat 1379-1382 zawiera wiadomości o wydatkach na materiały budowlane i za prace prowadzone przy ratuszu przez mistrza murarskiego Heinricha Ungeradina. Polegały one na przebudowie i powiększeniu dotychczasowego budynku w kierunku zachodnim.
Kolejna rozbudowa gmachu nastąpiła w latach 1454 - 1457 . W 1457 r. przebywał w Gdańsku król polski Kazimierz Jagiellończyk. W powiększonym i odrestaurowanym Ratuszu Głównego Miasta polski władca dodał koronę do herbu Gdańska, jako widomy znak uznania go za królewskie miasto.
Ogólny rozwój miasta, poszerzenie samorządu miejskiego przez króla Zygmunta I Starego w 1526 r. o tzw. Trzeci Ordynek (pierwszy stanowiła Rada, drugi - Ława), stanowiący reprezentację kupiectwa i cechów rzemieślniczych, spowodowało dalszą rozbudowę obiektu. W dotychczasowych gabarytach nie mógł on już spełniać zarówno stałych funkcji (urzędował w nim burmistrz i obradowała Rada Miasta, wyrokował sąd nazywany Wetowym, miał swą siedzibę burgrabia, będący reprezentantem króla polskiego w mieście i zbierał się tzw. Trzeci Ordynek) jak i okazjonalnych. Około 1537 r. zaczęto wznosić wokół dziedzińca, na miejscu dawnego zajazdu, dwukondygnacyjną oficynę.
3 października 1556 r. wybuchł w ratuszu groźny pożar. Usuwanie skutków zniszczeń trwało kilka lat i zapoczątkowało przebudowę gmachu w stylu renesansowym. Najpierw w latach 1559 - 1560 wykonano nowy, wspaniały hełm dla wieży, na którego iglicy umieszczono w 1561 r. pozłocony posąg panującego wówczas w Polsce króla Zygmunta II Augusta. Wewnątrz hełmu zainstalowano zespół 14 grających dzwonów, zwany carillonem.
Bogacące się na pośrednictwie handlowym gdańskie mieszczaństwo dążyło do podkreślenia pozycji miasta również poprzez nadanie odpowiedniego splendoru ratuszowym wnętrzom. W ich upiększaniu w końcu XVI i na początku XVII wieku udział brali twórcy złotego wieku sztuki gdańskiej, tacy mistrzowie, jak: Izaak van den Block, Hans Vredeman de Vries, Willem van der Meer, Anton Moeller i Szymon Herle. Ogólne kierownictwo nad pracami sprawował niderlandczyk Anton van Obberghen, pełniący w tym czasie funkcję budowniczego miejskiego.
Najbardziej reprezentacyjną kondygnacją stało się pierwsze piętro. Mieściło ono najważniejsze sale ratusza Wielką Salę Rady, zwaną również Salą Czerwoną, i Wielką Salę Wety, określaną od XIX w. jako Salę Białą. Również we wnętrzach oficyny, do której w drugiej połowie XVI wieku dobudowano dwa skrzydła (północne i wschodnie) - stworzono piękne pomieszczenia, m.in. Małą Salę Rady (zwaną też Zimową) i Małą Salę Sądu Wetowego (Sala Kominkowa). Oficyna i skrzydła boczne utworzyły wewnętrzny dziedziniec w kształcie prostokąta.
Zagarnięcie Gdańska przez Prusy w drugim rozbiorze Polski spowodowało zmiany w ustroju miasta. Znalazło to też odbicie w nowym układzie funkcjonalnym ratusza, m. in. w dawnej Sali Kasy Miejskiej (kamlarii) urządzono gabinet burmistrza.
Druga wojna światowa zapisała się okrutnie w historii cennego zabytku. Podczas działań wojennych w marcu 1945 r. pożar strawił hełm wieży i drewniane stropy, a mury dodatkowo ucierpiały od pocisków i bomb. Ocalałe ich fragmenty były tak nadwątlone, że nawet zwykła burza groziła katastrofą. Według wstępnych ustaleń budynek nie nadawał się do odbudowy i zakwalifikowany został do rozbiórki. Ostatecznie jednak udało się go uratować .
Podjęta w 1946 r. odbudowa ratusza była przedsięwzięciem trudnym i zaliczana jest do wybitnych osiągnięć polskiej powojennej sztuki konserwatorskiej. Po wielu pracach murarsko-konserwatorskich 2 kwietnia 1970 r. odbudowany ratusz przekazano na siedzibę Muzeum Historii Miasta Gdańska, które od 2000 r. nosi nazwę Muzeum Historycznego Miasta Gdańska.
Ratusz pełnił zadania nie tylko funkcjonalne, lecz i ideowe. Te ostatnie zostały szczególnie nagromadzone w wystroju jego najpiękniejszego wnętrza, jakie stanowi, zachowana do czasów obecnych, Wielka Sala Rady (Sala Czerwona). W tym wielkim zespole malarsko-rzeźbiarskim twórcy programu przedstawili, ogólnie określając, wzorce moralne i normy postępowania dla rządzących miastem.
Obecnie w ratuszu prezentowane są wystawy z dziejów Gdańska. Dostojna budowla pełni również funkcje recepcyjne. W okresie sezonu turystycznego, przypadającego na wiosenno - letnie miesiące roku, można wejść na galerię widokową wieży, skąd z wysokości ok. 50 m roztacza się wspaniała panorama Gdańska.
Specyficznym klimatem Gdańska są dzwony. Na ratuszowej wieży w 2000 r. zamontowany został nowy , wspaniały 37-dzwonowy carillon, wykonany przez holenderską wytwórnię dzwonów i carillonów Royal Eijsbouts w Asten. Grające dzwony ratusza są tłem do wydarzeń w mieście i ich swoistym komentatorem.