Pyrzyce stały się siedzibą archidiakonatu biskupstwa kamienieckiego w 1297 r. Pierwsza wzmianka o obecnym kościele pochodzi z z roku 1312, kiedy to uposarzono pierwszy ołtarz poświęcony czci św. Jana Apostoła "in eccelsia sancti Mauricii". W wieku XIV rozbudowano niemal całą świątynię. Powstała wówczas obszerna bazylika ceglana złożona z trójprzęsłowego, jednonawowego wydłużonego prezbiterium i trójnawowego, czteroprzęsłowego korpusu nawowego oraz prostokątnej wieży zachodniej.
Po pożarze w 1460 r. dokonano dalszych przeróbek powiększając okna, przedłużając nawy boczne ku zachodowi i wprowadzając wieżę do środka. W latach 1500-1562 wzniesiono drewnianą wieżę wschodnią nad prezbiterium. Kościół około roku 1562 przyjął postać, która przetrwała do XX w.
W czasie reformacji około roku 1525, po bardzo silnym oporze gminy rzymskokatolickiej kościół został przejęty przez protestantów, a trzydziestoletnia wojna religijna doprowadziła go do ruiny, co spowodowało, że ponad 200 lat nie był odnawiany. Dopiero wiosną w roku 1850, postanowiono przystąpić do jego odbudowy. Zamiar ten realizowano przez 3 lata.
II wojna światowa ponownie doprowadziła do ruiny kościół p. w. św. Maurycego jak i 6 innych kościołów w obrębie murów miasta jak i znajdującymi się poza murami. Świątyniami tymi były: kościół przy ul. Lipiańskiej, klasztor OO. Franciszkanów, kościół Ducha świętego, przy Bramie Bańskiej, klasztor Augustianek przy ul. Staromiejskiej za murami, kościół św. Piotra i Pawła przy ul. Stargardzkiej, którego mury posłużyły na "były" Dom Kultury.
W 1945 r. w czasie miesięcznych walk o miasto kościół został spalony i zburzony, sklepienia zawaliły się. Ocalały mury kapitalne korpusu i dolne partie wieży zachodniej. W 1948 r. wyremontowano i oszklono nawę boczną jednak wskutek oporu władz prace przerwano. Dopiero 24 I 1958 r. kościół — ruinę przekazano parafii pw. św. Ottona.
W latach 1958-1963 odbudową kierował ks. Stefan Kaczmarek TChr, architekt z wykształcenia, przy wsparciu Konserwatora Zabytków. W 1959 r. uzupełniono wyrwy w murach, ukończono sklepienie nad prezbiterium, które zostało poświęcone 6 XI 1960 r. W roku następnym wykonano witraż w głównym oknie. Kościół decyzją Prymasa Polski ks. kard. Stefana Wyszyńskiego otrzymał obecne wezwanie.
Następnie zbudowano nowe sklepienie (1962) i naprawiono filary oraz przebudowano prezbiterium (1965). Poświęcenie całego Kościoła nastąpiło 15 VI 1969 r., a odbudowę ukończono 20 XI11970 wmurowaniem ostatniej płyty przy wejściu głównym. W 1976 r. ukończono wieżę, a w 1987 r. pokryto ją blachą, na początku lat 80 zamontowano nowe witraże w oknach. Cały kościół pokryto blachą miedzianą w latach 1989-1990 dzięki staraniom ks. proboszcza Franciszka Gałdysia TChr oraz całej wspólnoty parafialnej.
